Vroeger was het, door de beperkte onderzoeksgebieden, een zelfde vak. Zie ook https://www.natuurkunde.nl/vraagbaak/11283

Maar tegenwoordig kun je grofweg zeggen dat
- natuurkunde onderzoekt situaties waarin materie niet van soort verandert
(bewegingen, energie, opwarming, gedrag in elektrische en magnetische velden e.d.)
- scheikunde onderzoekt situaties waarbij materie met andere materie reageert en tot een nieuwe stof komt. Of ontleedt in meerdere stoffen (verhouding van stofhoeveelheden bij reacties, warmte vrij/nodig voor reactie, samenstelsel van stof uit verschillende atomen en bindingen daartussen).

Typische vragen natuurkunde:
- hoe snel gaat een voorwerp
- hoeveel energie heeft het
- hoe verloopt een botsing met een ander voorwerp
- welk gedrag vertoont het in een elektisch of magnetisch veld
- welke metingsresultaten volgen uit zeer snelle bewegingen (relativiteit)
- hoe waarschijnlijk is het een deeltje ergens aan te treffen (quantummechanica)
- hoe zien we, horen we, voelen we, tillen we (biofysica)
- hoe ontstaan aardbevingen en weerpatronen (geofysica)
- waaruit bestaan atomen (kernfysica)


Typische vragen scheikunde:
- als X met Y reageert, welke stof of stoffen ontstaan er?
- Welke warmte is nodig of komt vrij bij zo'n reactie?
- Waarom kan X met Y reageren en niet met Z?
- In welke verhouding gebeurt dit?
- welke reacties vinden plaats in een dierlijke cel (biochemie)

In de "moderne" natuurkunde (quantummechanica met name) komen beide gebieden weer in overlap: de quantum mechanische blik op atomen geeft aanwijzingen waarom sommige scheikundige reacties wel of niet kunnen plaatsvinden.