Die vraag is al eens eerder langsgeweest. (http://www.natuurkunde.nl/vraagbaak/53541)

In het kort:
- theoretische natuurkunde ("gewoon" quantummechanica, relativiteit e.d.): zoek een universiteit
- theoretische natuurkunde maar met praktische toepassingen (minder wrijving, hoger rendement, nieuwe toepassing): zoek een TU.

Tijdens de studietijd zal met name in het B.Sc traject niet zo heel veel verschil zijn (denk ik), daarna wordt het meer theoretisch (wel of niet zinvol toepasbaar, als het de wetenschappelijke nieuwsgierigheid maar bevredigt) of technisch (in de poging tot toepasbaar).