Je hebt helemaal gelijk: een atoom kan maar bepaalde golflengten uitstralen, overeenkomend met het energieverschil van een electron tussen aangeslagen toestanden. Dat geeft een lijnen-emissiespectrum.
Maar vrije electronen kunnen elke energie hebben, en als ze worden ingevangen in een atoom dan verliezen ze die energie minus de energie die ze in de electronenbaan van het atoom overhouden. Dan is er dus geen sprake meer van een vast energie-verlies maar van vele mogelijke waarden: ipv lijnen ineens een continuum. Met wat helderder lijnen voor de specifieke overgangen tussen de atoomschillen.
Een absorptie-spectrum ontstaat net omgekeerd. Zo geeft de Zon een continu spectrum doordat vrije electronen worden ingevangen. Maar in dat continuum zitten ook fotonen met de energie gelijk aan het verschil tussen twee aangeslagen toestanden van een atoom in de Zon. Zo'n atoom kan dit foton absorberen (atoom komt in aangeslagen toestand) en even later weer uitstralen door een foton met gelijke energie (atoom terug naar grondtoestand). Maar dit uitstralen gebeurt in een andere richting dan vanwaar het geabsorbeerde foton kwam (bijvoorbeeld ipv richting Aarde nu ineens haaks hierop). Daardoor "missen" we de bijdrage van dit foton in het opgenomen spectrum: de betreffende lijn is nu donker(der) dan het continuum.
